D.N.Angel raconte l'histoire de Daisuke NIWA, qui, le jour des ses 14 ans découvre qu'il a le pouvoir de se transformer en Dark, le célèbre voleur fantôme. Celui-ci vient d'un monde inventé par une autre famille, les HIKARI, qui signifie "lumière", dont le descendant direct est Satoshi HIWATARI, un camarade de classe de Daisuke. Ce jour-ci, Risa HARADA, dont il est amoureux, tombe amoureuse de Dark, alors que sa soeur jumelle, Riku HARADA, le déteste. Désormais, dès qué Daisuke voit Risa, il se transformera en Dark, et vice et versa quand Dark voit Riku dont il est amoureux. Cela ne s'arrêtera que lorsque leur amour sera partagé.